Grâce aux fouilles archéologiques de 1985 et 1986, on sait qu’une première église devait dater du VIe ou du VIIe siècle suite à la découverte de segments de maçonnerie. Elle avait un chevet polygonal. Au XIe siècle, le choeur est rebâti sur un plan quadrangulaire. Au XIIIe siècle, ce choeur est une nouvelle fois reconstruit et la nef en partie refaite. En 1536, l’armée bernoise envahit le territoire de Meinier et y établit la Réforme. Au début du XVIIe siècle, le village repasse au catholicisme. En 1611, saint François de Sales reconsacre l’autel. En 1663, deux chapelles sont ajoutées au sud de la nef, puis peu avant 1720, une sacristie est aménagée. En 1731, l’église est entièrement reconstruite. Les travaux sont l’oeuvre des maîtres maçons J. Favre et J. Borrel associés à J. F. Champlaine. Elle est inaugurée en octobre de l’année suivante. Elle est quelque peu déplacée vers le sud et on lui adjoint un clocher-porche. En 1826, un nouvel autel, dédié à saint François de Sales, est érigé côté sud. Dans les années 1840, la tour du clocher-porche est restaurée à plusieurs reprises et une seconde cloche est posée. Durant les tensions religieuses en 1876, le gouvernement s’empare de l’église et ne la restituera aux catholiques romains qu’en mai 1892. En 1923, J. Falquet rénove le choeur et en 1928, il restaure la nef et décore le plafond. En 1985 débute une réfection totale de l’intérieur et de l’extérieur, précédée de fouilles archéologiques complètes. (MONNOYEUR-TERRIER-HERMANES 1990 / BAERTSCHI 1994 / TERRIER 1997)

Charles Bonnet, “Chronique des découvertes archéologiques dans le canton de Genève”, in Genava – Genève, tome 36, Genève, 1988, p. 54

Pierre Monnoyeur, Jean Terrier et Théo Antoine Hermanès, Eglise Saints-Pierre-et-Paul, Maison de la Tour, Meinier (GE), coll. “Guides de monuments suisses”, SHAS, Berne, 1990, pp. 2-11

Armand Brulhart et Erica Deuber-Pauli, “Meinier”, in Ville et canton de Genève, coll. “Arts et monuments”, SHAS, Berne, (1ère éd. 1985) 1993, p. 265

Pierre Baertschi (dir.), “Eglise Saint-Pierre de Meinier”, in Répertoire des immeubles et objets classés, Genève, 1994, p. 283

Jean Terrier, “L’église de Meinier”, in Patrimoine et architecture, no. 3, Genève, 1997, p. 32