1518 bei der Auflösung der Herrschaft Thierstein kamen alle Rechte über Angenstein an den Bischof von Basel. Nachdem die Burg Angenstein 1517 abgebrannt war, blieb sie über Jahrzehnte in Ruinen. Am 18. Nov. 1557 belehnte der Basler Bischof Melchior von Lichtenfels seinen Kanzler, den Juristen Dr. Wendelin Zipper, mit der Herrschaft Angenstein. Dieser liess die Burg mit Turm, Wohn- und Wirtschaftsgebäuden (auf Geheiss Solothurns aber unbefestigt) wieder errichten. Der Neubau erhielt auch eine Burgkapelle, die 1560 den Heiligen Wendelin und Anna, den Namenspatronen Zippers und seiner Frau Anna, geweiht wurde. Die Burg blieb bis 1751 im Besitz der Zipper und kam dann an deren Erben, die Familien Noel und Granvillars von Delsberg. Diese verkauften Burg und Herrschaft am Beginn des 19. Jahrhunderts an Ritter Kastner von Strassburg. In der Folge des Wiener Kongresses von 1815 gelangte Bern in den Besitz der Herrschaft Angenstein und des benachbarten Dorfes Duggingen (vgl. Scheidegger 1946).

Alfred Scheidegger, Die Glasgemälde aus der Kapelle der Burg Angenstein, in: Jahrbuch des Bernischen Historischen Museums in Bern, Jg. XXV, 1946.