Das Gotteshaus war ursprünglich eine dem hl. Johannes dem Täufer geweihte Prioratskirche der Cluniazenser. Seit Ende des 13. Jahrhunderts wurde das Leuziger Priorat durch deren Niederlassung in Hettiswil verwaltet. 1468 veräusserte der Propst von Hettiswil einen Teil des Leuziger Klosterguts mit all seinen Einkünften an die Gesellschaft der Bauleute zu Büren, womit diese die Unterhaltspflicht über die Kirche übernahmen. Vermutlich wegen der Opposition der Gemeinde Leuzigen gegen diesen Verkauf sah sich der Propst von Hettiswil gezwungen, 1476 die Rechte über die Johanneskapelle der Gemeinde Leuzigen zu übergeben, die den Bau von nun an für die Gemeindeseelsorge mit einem Kaplan benutzte. Die Kapelle wurde jedoch nicht zur Pfarrkirche erhoben; vielmehr unterstanden die Leuziger bis zur Reformation vermutlich der Pfarrei Lüsslingen (SO). Mit der Reformation gingen die Besitzrechte an der Johanneskapelle vom Prior von Hettiswil an den Stand Bern über, der nun als Patronatsherr für den Kirchenchor und die Besoldung des Pfarrers zuständig war und dafür sorgte, dass Leuzigen von der Pfarrei Lüsslingen losgelöst und 1532 nach Arch im Bernbiet eingepfarrt wurde. Während Bern bei der Reformation die säkularisierten Klosterkirchen in der Regel als Ganzes übernahm, bildet Leuzigen in dieser Hinsicht insofern eine Ausnahme, als die dort seit 1476 für das Laienschiff zuständige Gemeinde auch nach der Reformation über dieses verfügte. Die politische Kontrolle über Leuzigen übte Bern übrigens schon seit 1393 aus, als es die Herrschaft Büren, dem Leuzigen angehörte, übernommen hatte.

Die romanische Kirche von St. Johann in Leuzigen wurde kurz vor der Reformation umgebaut, wobei sie 1521 ein neues Altarhaus in Form eines nichteingezogenen dreiseitigen Polygonalchors erhielt. Dies bot Anlass zu Fenster- und Wappengaben, die alle für die drei neuen Chorfenster (I, n II, s II) bestimmt waren (die Langhauswände behielten damals die kleinen romanischen Fensterchen; vgl. Abb. 36 bei Eggenberger/Ulrich 1989). Umbauarbeiten erfolgten 1793 (neuer Boden im Chor); 1880/82 im Chor und Langhaus (neue Fenster) (vgl. ASA 1882, S. 244); 1926, 1965 Einbau einer Orgelnische im Chor; 1986/87 (mit Grabungen).

Anzeiger für Schweizerische Altertumskunde (ASA), 1882.

Peter Eggenberger/Susi Ulrich-Bochsler, Leuzigen. Reformierte Pfarrkirche – Ehemaliges Cluniazenserpriorat, Ergebnisse der Bauforschung von 1986, Bern 1989.