Das Berner Ratsmanual hält am 8. Juni 1524 folgenden Eintrag fest: "Mh. haben geraten, das Mh. abbt von frienisperg denen von affoltern an ir kilchenbuw [15] kronen und ein pfenster solle geben" (Haller 1900. S. 121; Lehmann 1914, S. 142 [Angabe des genauen, von Haller nicht genannten Kronenbetrags]). Die Berner Obrigkeit fordert hier offenbar den Abt von Frienisberg auf, eine Fensterstiftung nach Affoltern zu machen. Schon Franz Thormann und Wolfgang Friedrich von Mülinen (1896, S. 54) betrachteten die Scheibe mit dem Heiligen, in denen sie einen Bischof(?) bzw. den hl. Benedikt sahen, als Stiftung des Klosters Frienisberg, das den Kirchensatz von Affoltern bei Aarberg (Grossaffoltern) besass. Laut ihnen befand sich im Kirchenschiff ein Gegenstück dazu, nämlich eine weitere Heiligenscheibe, die um die Mitte des 19. Jahrhunderts durch Hagel zerstört worden sei (Thormann/von Mülinen 1896, Nr. 8; Lehmann 1914, S. 143). In diesem Fall dürfte das Kloster Frienisberg 1524 ebenso wie Bern eine Fensterstiftung mit mutmasslich vier Glasgemälden nach Affoltern getätigt haben. So haben sich vergleichbare vierteilige Glasgemäldestiftungen des Benediktinerklosters Trub von 1520 in der Kirche Lauperswil erhalten. Sie zeigen das Wappen des Klosters Trub, das Wappen des Abtes sowie den Ordensgründer Benedikt und die hl. Helena mit dem hl. Kreuz, dem das Kloster Trub geweiht war. Auch das Kloster Frienisberg hatte schon 1501 eine vierteilige Glasgemäldestiftung ins Berner Münster getätigt, mit den Wappen von Cîteaux, des Klosters Frienisberg, des Abtes und des Grafen von Thierstein (Kurmann-Schwarz 1998, Abb. 284/285, 288/289). Nach Affoltern könnte das Kloster 1524 Glasgemälde mit den Ordensheiligen Benedikt und Bernhard sowie den Wappen des Klosters (Frienisberg, Cîteaux?) und des Abtes gestiftet haben. Beim diesem muss es sich aufgrund der Regierungsdaten um den letzten Abt des Klosters Frienisberg, Urs Hirsinger (1512–1539), gehandelt haben. Hirsinger und ein Grossteil der Klosterinsassen widersetzten sich bei der Reformation dem Befehl Berns, die Ordenskleider abzulegen. Nach seiner Flucht nach Hauterive, bei der er eine Handvoll Handschriften mitführte (vgl. Jurot 2014), ernannte Urs Hirsinger noch 1539 Ludwig Hug von Burgdorf, einen einstigen Mönch in Frienisberg, zu seinem Nachfolger als Abt des Klosters und verkündete dies dem Berner Rat (HLS 6/2007, S. 374).
Hans Lehmann (1914, S. 142) interpretierte die oben genannte Quelle im Ratsmanual allerdings dahingehend, dass der Rat darin verfügte, dem Abt zu Frienisberg seien zu Handen des Kirchenbaus in Affoltern 15 Kronen und ein Fenster zu verabreichen. Damit würde sich der Eintrag auf die noch erhaltenen Scheibenstiftungen Berns beziehen (Standesscheibe, Figurenscheiben hl. Vinzenz und Muttergottes).
Lehmann war es auch, der die Scheiben von Grossaffoltern Jakob Stächeli zuschrieb (1914, S. 142), dem 1524 vom Berner Seckelmeister 52 Pfund für ungenannte Arbeiten bezahlt wurden (Trächsel 1878, S. 188). Ihm zufolge entsprach diese Summe ungefähr dem Preis eines grossen Kirchenfensters mit drei gemalten Scheiben. Um das Jahr 1520 muss der Meister tatsächlich Fenster oder Glasgemälde (privater Stifter?) nach Affoltern in die Kirche geliefert haben, denn am 26. Juni dieses Jahres befahl der Berner Rat laut Ratsmanuale dem Meier von Affoltern, die Glasgemälde in der Kirche auszubrechen und in Verwahrung zu nehmen, bis Jakob Stächeli für seine Arbeit bezahlt sei: "An meyer von Affholtern, die pfänster uβzubrächen und die zu sinen handen zu behalten, so lang, vil und gnug, biβ Jakob Stächeli sellicher sin arbeit bezalt werde." (Haller 1900, S. 121; Lehmann 1914, S. 141, hier der Eintrag irrigerweise auf den 8. April 1520 datiert). Zu diesen etwas älteren Scheiben könnten an sich die Wappenscheibe Berns, die Stadtscheibe Aarbergs und die Figurenscheibe Matthias Maurers gehören, die stilistisch von den 1524 datierten Werken abweichen. Lehmanns Zuschreibungen an den Meister Stächeli beruhen allerdings auf reinen Hypothesen. So stellt sich u. a. die Frage, ob mit der im Eintrag von 1520 genannten Kirche Affoltern nicht eher diejenige von Affoltern im bernischen Emmental denn jene von Grossaffoltern im Berner Seeland gemeint sein könnte (vgl. SKL 3/1913, S. 209). Dass der in den Quellen stets als Glaser bezeichnete Jakob Stächeli tatsächlich auch Glasmaler war, ist zudem nicht belegt. Es muss deshalb letztlich offen bleiben, wer die Scheiben für die Kirche Grossaffoltern schuf. Sicher ist nur, dass der mit ihrer Ausführung betraute Glasmaler von 1524 unter Einfluss Hans Funks in Bern arbeitete, dessen voluminösen Figuren- und Ornamentformen wir auch hier begegnen.
Die Heiligenscheibe, zu der auch Nachzeichnungen Johann Heinrich Müllers (z. T. in Feder, z. T. in Bleistift) existieren (Nachlass im Besitz des BHM Bern als Depositum im Vitrocentre Romont), befand sich 1896 und 1914 im zentralen Chorfenster und nicht wie heute im Chorfenster n II.