Les vitraux en dalle de verre des fenêtres des bas-côtés et dans la claire-voie présentent des motifs colorés abstraits. Les panneaux sont montés avec un mastic spécial dans les ouvertures créant ainsi une entité matérielle entre vitraux et structure en béton. Afin de pouvoir aérer l’église, plusieurs panneaux ont été installés comme fenêtres en imposte et montés dans des cadres métalliques avec un simple dispositif d’ouverture.

Le béton est dans un bon état de conservation ; le mortier présente une réserve de grains anhydres élevée due au fort dosage initial en ciment. Ces grains de ciment résiduels sont disponibles pour une hydratation ultérieure des phases les plus réactives. La plupart des fissures observées dans le béton se sont probablement déjà formées lors de la prise du mortier. Elles sont généralement perpendiculaires aux bords des verres. Leur largeur est comprise entre environ 0.1 et 0.5 mm. Quelques fissures traversent toute l’épaisseur de la dalle. Les interstices entre les verres rapprochés sont parfois partiellement remplis, laissant des espaces vides et des fentes, dont quelques-unes ont été utilisées par les insectes pour fabriquer leurs nids. Un léger écaillage du béton le long des bords des verres est vraisemblablement le résultat du raclage du mortier lors de leur fabrication ; il ne s’agit donc pas d’un dégât ou d’une altération du béton.
La plus grande partie des fers d’armature est recouverte de plus de 2 cm de mortier. Le risque d’une corrosion des fers est donc réduit. Une corrosion locale des armatures demeure néanmoins possible pour les plus faibles épaisseurs de recouvrement et les quelques fers dérobés.
La grande majorité des verres sont intacts ; ils ne présentent pratiquement aucun signe d’altération et seulement quelques fissures et dégâts superficiels par impact mécanique.
Le mastic des joints d’étanchéité (en silicone) est cassant et craquelé. Les dégâts semblent être plus prononcés sur le côté sud ; il est probable que les variations de température plus importantes jouent un rôle, notamment dans le développement des fissures.
Les dalles de verre construites en tant que fenêtres en imposte et présentent des dommages considérables ; le réseau en béton est fracturé et a été colmaté à plusieurs reprises en utilisant des mortiers différents (ciment, plâtre). Les mortiers de réparation sont également fissurés et se détachent par endroit. Les dégâts sont principalement dus aux contraintes mécaniques induites par le dispositif d’ouverture défectueux.
L’état de préservation des dalles de verres de Fernand Léger à l’église de Courfaivre a été étudié lors d’une première intervention menée par l’Expert Center pour la conservation du patrimoine bâti à Lausanne et le Vitrocentre Romont en 1999. Cette première étude non publiée a porté sur l’analyse des dommages visibles ainsi que la mesure de la perméabilité et de l’absorption d’eau du béton (à l’aide de Pipettes de Karsten) de trois médaillons sur la façade sud de l’église. La comparaison du constat d’état de préservation de 1999 avec celui réalisé par le Vitrocentre Romont en 2022 a montré que les dégradations, notamment les fissures dans le béton, ont légèrement évolué. Certaines fissures se sont allongées et quelques nouvelles fissures sont apparues (voir Annonciation).
Les dégâts semblent être plus prononcés sur le côté sud ; il est probable que les variations de température plus importantes jouent un rôle, notamment dans le développement des fissures. Cette affirmation doit toutefois être prise avec réserve, car les médaillons de la façade nord n’ont pas pu être examinés de près. La progression des dommages semble pourtant lente, sans détérioration drastique du béton. Il est toutefois difficile d’évaluer dans quelle mesure ces dommages ou leur évolution mettent en danger la préservation des dalles de verre. Les détériorations, notamment la corrosion progressive des armatures, le développement des fissures ainsi que la fragilisation des joints d’étanchéité sont à observer sur le long terme afin de minimiser leur impact sur la conservation des dalles de verre. Actuellement, la restauration des ouvrants défectueux est beaucoup plus urgente.

Les vitraux de l’église de Saint-Germain d’Auxerre à Courfaivre (Jura) sont réalisés par l’artiste Fernand Léger en 1954 lors de la rénovation de l’église par l’architecte Jeanne Bueche. Pour l’architecte, la place du décor dans une église est prépondérante et doit être pensée en même temps que l’architecture. Elle consacre alors une grande partie du budget de la rénovation à la réalisation de grandes fenêtres colorées en technique de dalle de verre. Pour leur création, elle fait appel à nul autre que Fernand Léger qui avait auparavant conçu les fenêtres en dalle de verre de l’église du Sacré-Cœur d’Audincourt en France. La réalisation des dalles de verre est confiée à l'atelier verrier Aubert et Pitteloud à Lausanne.
Le programme iconographique de l’ensemble des vitraux figuratifs, composé de dix médaillons encadrés de panneaux rectangulaires dans les fenêtres hautes de la nef et de deux vitraux en arc plein cintre dans le chœur, est décidé entre l’architecte et le curé de l'église et élaboré en étroite collaboration avec l'artiste. Pour le curé il est important que les vitraux reflètent les valeurs profondes de la foi catholique.Celles-ci sont parfaitement illustrées dans le Credo. Cette thématique a été divisée en cinq grands thèmes : Dieu le père, la vie du Christ, le Saint-Esprit, l’Église et la Vie Éternelle. Les thèmes se poursuivent, dans le sens horaire, dans les dix médaillons. Chacun est encadré de vitraux abstraits qui reprennent les motifs de fond et leurs couleurs. Le cycle commence au sud-est (SIII) et se termine au nord-est (NIII).
Les deux grands vitraux du chœur de l’église forment un cycle à part symbolisant l’Eucharistie à travers deux sujets : la Multiplications des Pains (NII) et les Noces de Cana (SII).
L'expressivité des vitraux de Fernand Léger réside dans la combinaison de symboles anciens avec des compositions abstraites. Le réseau en béton armé fait partie intégrante du dessin et renforce la lisibilité des motifs.
Les fenêtres des bas-côté sont décorées de vitraux en dalle de verre abstraits. Les dalles de verre sont montées avec un mastic spécial dans les ouvertures créant ainsi une entité matérielle entre vitraux et structure en béton et de véritables murs lumineux.