Im Jahre 1847 wird die «Kunstanstalt für kirchliche Arbeiten» in München von Joseph Gabriel Mayer (1808–1883) gegründet. Sie besteht zunächst aus einem Bildhaueratelier, ab 1862 wird eine eigene Glasmalereiabteilung eingerichtet mit 20 angelsächsischen Glasmalern (hauptsächlich Präraffaeliten). In der Folgezeit werden Niederlassungen im Ausland eröffnet (1865 in London sowie vier Jahre später in Paris, 1888 in New York). Im Jahre 1900 eröffnet die Mosaikabteilung. In dieser Zeit und bis zum Ersten Weltkrieg beschäftigt die Mayer'sche Glaswerkstätte ungefähr 500 Künstler und Glasmaler. Insbesondere die Glasproduktion floriert und «Munich-style stained glass» wird zum feststehenden Begriff im englischen Sprachraum für Verglasung aus der Mayer’schen Hofkunstanstalt.
1919 folgt die Öffnung der Werkstatt für freie Künstler, davon profitiert unter anderem der Bildhauer Karl Knappe. Während die Glaskunst an Bedeutung gewinnt, werden im Gegenzug andere Kunstrichtungen aufgegeben, beispielsweise 1925 die Bildhauerei.

In den 1940er Jahren verkleinert sich das Unternehmen und die Belegschaft schrumpft auf weniger als 20 Mitarbeiter. Nach den 1950er Jahren setzen sich neue und moderne Impulse durch; die Nachkriegszeit ist geprägt durch die Zusammenarbeit mit namhaften Künstlern wie beispielsweise Hubert Distler und Josef Oberberger. Architekturbezogene Werke für «Kunst am Bau» gewinnen ab 1970 an Bedeutung. In den 1980er Jahren wird der Schwerpunkt gleichermassen in der Mosaik- und in der Glaskunst gesucht.
Das Unternehmen wird heute (2022) von der Familie Mayer in der fünften Generation geführt und arbeitet weltweit mit namhaften Künstlern zusammen.

Mayer, G. (Hrsg.) (2013). Architektur, Glas, Kunst: Mayer'sche Hofkunstanstalt – Franz Mayer of Munich. Hirmer.