Les fouilles archéologiques en 1987 et 1988 ont permis de retrouver les ruines d’un premier sanctuaire datant du IX-Xe siècle qui était composé d’une nef unique se terminant par une abside semi-circulaire. Au XIIIe siècle, une nouvelle église remplace cet édifice primitif. Il présente un chœur de plan rectangulaire très profond qui indique une influence de l'architecture cistercienne. Au cours des siècles suivants, quatre chapelles sont érigées au nord et au sud, contre les façades de cette église gothique. Pendant la Réforme, l’église est fermée et n’est rendue au culte qu’en 1601. En 1707, l'édifice est complètement reconstruit, à l’exception de la chapelle de la Vierge adossée aujourd'hui au sud du sanctuaire, et de la tour du clocher qui étaient les seuls vestiges restant de la destruction de l’église par les bernois au milieu du XVIIe siècle. En 1726, un retable est construit pour le maître-autel. Le 17 mai 1876, les clefs de l’église sont réclamées malgré l’opposition de la population. Mlle Blanchard offre un local pour célébrer les offices. Il sert de chapelle durant 21 ans. Le 5 décembre 1897, les paroissiens retrouvent solennellement leur église. Entre 1899 et 1900, un porche est érigé ainsi qu’une nouvelle chapelle sur le collatéral nord. En 1921, la chapelle de la Vierge est classée. En 1953, la toiture et le clocher sont restaurés, et en 1967 le choeur est surélevé. En 1988, après les fouilles archéologiques, une restauration complète de l’édifice débute et se termine en 1991. Entre 1996 et 1997, des travaux de peinture sont réalisés à l’intérieur. (CHENU 1987 / BAERTSCHI 1994 / TERRIER 1997)

J.-P. Chenu, et al., Restauration de l’église Saint-Pierre de Thônex, Genève, 1987, pp. 1-12

Armand Brulhart et Erica Deuber-Pauli, “Thônex”, in Ville et canton de Genève, coll. “Arts et monuments”, SHAS, Berne, (1ère éd. 1985) 1993, p. 364

Jean Terrier, Marc-André Haldimann, et al., “L’église Saint-Pierre de Thônex”, in Genava – Genève, tome 42, Genève, 1994, pp. 55-119

Pierre Baertschi (dir.), “Eglise Saint-Pierre”, in Répertoire des immeubles et objets classés, Genève, 1994, p. 141

Jean Terrier, “l’église de Thônex”, in Patrimoine et architecture, no. 3, Genève, 1997, pp. 38-39