L’église est édifiée entre 1864 et 1865 par l'architecte J.-F. Charrière. Le 19 février 1865, la pose de la première pierre est célébrée par Mgr G. Mermillod et l’édifice est consacré le 18 septembre 1865. L'ancien bâtiment, de l’autre côté de la route, est démoli l'année suivante. Le curé, qui avait pris en charge l’aménagement intérieur du bâtiment, fait poser des vitraux de l’abbé Pron, peintre-verrier à Pont-d’Ain. Une première rénovation importante est réalisée en 1897 après la restitution de l’église aux catholiques romains. En 1917, Charrière exécute un tambour d’entrée. En 1919, une adjonction à la sacristie et son adaptation sont réalisées. Une seconde campagne de restauration a lieu en 1922. La galerie est alors agrandie et dotée d'une nouvelle barrière en chêne sculpté. Joseph Falquet peint l'ensemble des voûtes et des murs intérieurs. En 1953 puis en 1971, de nouvelles rénovations sont entreprises. En 1996, l'église est classée monument cantonal. En 1997, une importante restauration est menée par G. Bornand. La nef est séparée du narthex par une grille. En mai 2002, une nouvelle phase de travaux commence avec l’achèvement du travail sur le décor pictural, les vitraux et les toitures des chapelles et de la sacristie. (BREITMEYER 1991 / BRULHART-DEUBER-PAULI 1993 / BORNAND-BREITMEYER-CHEVALIER 1995)

Lionel Breitmeyer, Saint-Maurice, église catholique romaine de Bernex : étude historique, Genève, 1991

Armand Brulhart et Erica Deuber-Pauli, “Bernex”, in Ville et canton de Genève, coll. “Arts et monuments”, SHAS, Berne, (1ère éd. 1985) 1993, p. 335

Gérald Bornand, Lionel Breitmeyer et Pierre Chevalier, Bernex, une histoire, une église, Carouge, 1995, pp. 43-46