Ursprünglich Kollegiatskirche des Chorherrenstifts; seit dem 13. Jahrhundert auch Stadtkirche: 1535–1968 paritätisch, heute katholische Pfarrkirche.

Ein erster Baubestand, eine dreischiffige Pfeilerbasilika mit Vorchor und abgeschrankten Seitenkapellen, lässt sich dem 9. Jahrhundert zuweisen. Ab 1295 Errichtung des gerade geschlossenen Stiftschores, dem sich südwärts die Allerheiligenkapelle, nordwärts die jüngere Muttergotteskapelle (1332 erwähnt) anschliessen. Turmbau nach 1400 (heute mit Zwiebelhelm von 1823–26 anstatt des ursprünglichen Spitzhelmes). Östlich des Chors kuppelüberwölbte Sakristei und ehemalige Beichtkapelle von 1708/09. Barockisierungen der Kirche um 1715 und 1770, damals wurden erst die Masswerke der spitzbogigen Schifffenster herausgebrochen und dann die Öffnungen zu Stichbogenfenstern erweitert. 1864–67 Renovation und neugotische Überformung nach Plänen von Tobias Hurter, Schaffhausen und Emil Kessler, St. Gallen: u.a. neue Westfassade, Abbruch des Lettners (Mitte des 14. Jh.), neue spitzbogige Masswerkfenster in Schiff und Chor, Neuerrichtung der Muttergotteskapelle. 1877–88 Renovation der Allerheiligenkapelle, 1905/06 Chorrenovation. 1968–71 Umbau und Gesamtrenovation: Anstelle der neugotischen Westfassade Verlängerung des Schiffs um die Tiefe des ehem. Vorzeichens – in Anlehnung an historische Darstellungen –, sowie Neugestaltung der Seiteneingänge (Architekt Franz Bucher, Bischofszell); gleichzeitig weitgehende Tilgung der ab 1864 erfolgten Eingriffe.

Baubeschreibung:
Dreischiffige basilikale Anlage mit gerade schliessendem Chor, dem sich unter Halbkuppeldach die Sakristei und ehemalige Beichtkapelle angliedert. Westportal hinter dreibogig geöffnetem Vorraum von 1968. An der Südflanke des Chores die nach aussen hin als bescheidener Querfirst bemerkbare Allerheiligenkapelle; an seiner Nordflanke die drei Zwerchgiebel der Muttergotteskapelle, auf die nordostwärts der sechsgeschossige Turm mit Zwiebelhaube folgt.
Das dreischiffige Langhaus ist im Inneren von einer Leistendecke überspannt und durch Spitzbogenarkaden mit achtseitigen Pfeilern des frühen 15. Jahrhunderts unterteilt. Am Obergaden und in den Seitenschiffen je sechs Spitzbogenfenster. Aus der Zeit um 1970 stammen: Decke, Böden, Bestuhlung, Farbfenster von Heinrich Stäubli, Westempore.
Um vier Stufen erhöhter und durch spitzbogigen Triumphbogen vom Langhaus ausgeschiedener Chor. Gotische Masswerkfenster der Ostseite vermauert, diejenigen der Nord- und Südseite 1866 erneuert.
Die Allerheiligenkapelle (14. Jahrhundert und 1877–86) auf der Südseite des Chors besitzt ein Tonnengewölbe im Vorraum und eine moderne Holzdecke im erhöhten, dahinter liegenden Raum.
Die 1866 unter Beibehaltung der alten Südwand neu aufgeführte und dabei verlängerte Muttergotteskapelle auf der Nordseite des Chores ist durch ein sechsjochiges gipsernes Kreuzgewölbe unterteilt.

Glasmalereien:
In Chor und Langhaus haben sich bunte Masswerkfüllungen von 1866 (Werkstatt Mittermaier, Lauigen) erhalten, die teilweise 1905/06 durch die Werkstatt Wehrli, Zürich und 1971 durch Stäubli, Engelburg restauriert bzw. ergänzt wurden. In der Allerheiligenkapelle Masswerkfüllungen von 1877/78 (Werkstatt Mittermaier, Lauigen), in der Muttergotteskapelle Stifterscheiben von 1922. Über den Seiteneingängen und im Westen Farbfenster von Heinrich Stäubli, 1971.
Nicht erhalten sind die Ornamentverglasungen der Rosettenfenster der neugotischen Westfassade des 19. Jahrhunderts.

Evangelische Kirchenvorsteherschaft Bischofszell-Hauptwil (1974). Zur Erinnerung an den Bau und die Einweihung der Johannes-Kirche Bischofszell. Bischofszell-Hauptwil: Evangelische Kirchenvorsteherschaft.

Knoepfli, A. (1962). Die Kunstdenkmäler des Kantons Thurgau. Bd. III. Der Bezirk Bischofszell. Die Kunstdenkmäler der Schweiz, Bd. 48. Basel : Birkhäuser Verlag, S. 155–208.

Knoepfli, A., & Sendner-Rieger, B. (1994). Bischofszell. Kunst, Kultur, Geschichte. Schweizerische Kunstführer. Bern: Gesellschaft für Schweizerische Kunstgeschichte, S. 21–36.