La thématique des vitraux figuratifs de l’Église Saint-Germain d’Auxerre illustre les valeurs fondamentales de l’église catholique, retranscrites dans la prière du Credo. Les thèmes se poursuivent, dans le sens horaire, dans les dix médaillons en dalle de verre dans les fenêtres de la nef principale. Le cycle commence au sud-est de l’église et suit les façades sud et nord pour se terminer au nord-est. Le premier médaillon (SIII) est consacré au premier thème, Dieu le Père. Il illustre les trois premières strophes du Credo : « Je crois en Dieu / Le Père tout Puissant / Créateur du ciel et de la terre ». Dieu est ici symbolisé par la main créatrice, la colombe ainsi que les rayons de soleil. À l’arrière-plan, des taches de couleurs concentriques évoquent la Création, la terre et le cosmos, sur lesquels se lève le soleil.

Les phénomènes observés à l’œil nu sur les dalles de verre comprennent des fissures dans le béton de largeur variable, un léger écaillement du béton, notamment autour des verres colorés, des fers apparents, des fissures dans les verres ainsi que des fissures et pertes dans le mortier de jointure des dalles de verres. Les joints d’étanchéité en silicone sont cassants et craquelés.
Les fissures sont généralement perpendiculaires aux bords du verre. La largeur des fissures est comprise entre environ 0.1 et 0.5 mm. La plupart des fissures se sont probablement déjà formées lors de la prise du mortier ; certaines se sont légèrement élargies avec le vieillissement du béton, comme le montre la comparaison avec l’analyse de l’état de conservation effectuée en 1999 (voir bibliographie). Certaines fissures traversent toute l’épaisseur de la dalle, ce qui en cas de fortes pluies, pourrait permettre à l’eau s’infiltrer à l’intérieur par les fissures. Cependant, un tel risque est peu probable en raison du grand surplomb du toit. Les quelques fers exposés ne sont que superficiellement corrodés et n’ont entraîné aucun éclatement du béton. Il semble qu’ils n’aient pas été complètement recouverts par le mortier lors de la coulée des dalles de verre.

Les vitraux de l’église de Saint-Germain d’Auxerre à Courfaivre (Jura) sont réalisés par l’artiste Fernand Léger en 1954 lors de la rénovation de l’église par l’architecte Jeanne Bueche. Pour l’architecte, la place du décor dans une église est prépondérante et doit être pensée en même temps que l’architecture. Elle consacre alors une grande partie du budget de la rénovation à la réalisation de grandes fenêtres colorées en technique de dalle de verre. Pour leur création, elle fait appel à nul autre que Fernand Léger qui avait auparavant conçu les fenêtres en dalle de verre de l’église du Sacré-Cœur d’Audincourt en France. La réalisation des dalles de verre est confiée à l'atelier verrier Aubert et Pitteloud à Lausanne.
Le programme iconographique de l’ensemble des vitraux figuratifs, composé de dix médaillons encadrés de panneaux rectangulaires dans les fenêtres hautes de la nef et de deux vitraux en arc plein cintre dans le chœur, est décidé entre l’architecte et le curé de l'église et élaboré en étroite collaboration avec l'artiste. Pour le curé il est important que les vitraux reflètent les valeurs profondes de la foi catholique.Celles-ci sont parfaitement illustrées dans le Credo. Cette thématique a été divisée en cinq grands thèmes : Dieu le père, la vie du Christ, le Saint-Esprit, l’Église et la Vie Éternelle. Les thèmes se poursuivent, dans le sens horaire, dans les dix médaillons. Chacun est encadré de vitraux abstraits qui reprennent les motifs de fond et leurs couleurs. Le cycle commence au sud-est (SIII) et se termine au nord-est (NIII).
Les deux grands vitraux du chœur de l’église forment un cycle à part symbolisant l’Eucharistie à travers deux sujets : la Multiplications des Pains (NII) et les Noces de Cana (SII).
L'expressivité des vitraux de Fernand Léger réside dans la combinaison de symboles anciens avec des compositions abstraites. Le réseau en béton armé fait partie intégrante du dessin et renforce la lisibilité des motifs.
Les fenêtres des bas-côté sont décorées de vitraux en dalle de verre abstraits. Les dalles de verre sont montées avec un mastic spécial dans les ouvertures créant ainsi une entité matérielle entre vitraux et structure en béton et de véritables murs lumineux.