Le grand grand vitrail dans la baie sud-est du choeur (sI) consiste d’un seul panneau de 3.06 m de haut pour 1.04 m de large. Il constitue une allégorie de l’Eucharistie : les Noces de Cana. Le thème est symbolisé par des cruches, une grappe de raisin et la tête du Christ auréolée. Le Christ est situé à l’arrière-plan, en dessous de lui trois cruches sont visibles, ainsi qu’un verre, posé sur une table. La grappe de raisin est placée tout en bas du vitrail. Un rectangle de couleur rouge en arrière-plan part de la tête du Christ pour descendre sur les cruches et le verre. Il évoque le vin transformé par le Christ pour les invités de la noce.
La dalle de verre est fixée avec un mortier de pose dans la feuillure de la baie depuis l’intérieur et scellée avec du mortier. La face externe du panneau correspond à la face inférieure lors du moulage de la dalle de verre. La couche superficielle du béton est lisse et montre des marques de plis suggérant que le panneau a été coulé sur du textile.

Les vitraux de l’église de Saint-Germain d’Auxerre à Courfaivre (Jura) sont réalisés par l’artiste Fernand Léger en 1954 lors de la rénovation de l’église par l’architecte Jeanne Bueche. Pour l’architecte, la place du décor dans une église est prépondérante et doit être pensée en même temps que l’architecture. Elle consacre alors une grande partie du budget de la rénovation à la réalisation de grandes fenêtres colorées en technique de dalle de verre. Pour leur création, elle fait appel à nul autre que Fernand Léger qui avait auparavant conçu les fenêtres en dalle de verre de l’église du Sacré-Cœur d’Audincourt en France. La réalisation des dalles de verre est confiée à l'atelier verrier Aubert et Pitteloud à Lausanne.
Le programme iconographique de l’ensemble des vitraux figuratifs, composé de dix médaillons encadrés de panneaux rectangulaires dans les fenêtres hautes de la nef et de deux vitraux en arc plein cintre dans le chœur, est décidé entre l’architecte et le curé de l'église et élaboré en étroite collaboration avec l'artiste. Pour le curé il est important que les vitraux reflètent les valeurs profondes de la foi catholique.Celles-ci sont parfaitement illustrées dans le Credo. Cette thématique a été divisée en cinq grands thèmes : Dieu le père, la vie du Christ, le Saint-Esprit, l’Église et la Vie Éternelle. Les thèmes se poursuivent, dans le sens horaire, dans les dix médaillons. Chacun est encadré de vitraux abstraits qui reprennent les motifs de fond et leurs couleurs. Le cycle commence au sud-est (SIII) et se termine au nord-est (NIII).
Les deux grands vitraux du chœur de l’église forment un cycle à part symbolisant l’Eucharistie à travers deux sujets : la Multiplications des Pains (NII) et les Noces de Cana (SII).
L'expressivité des vitraux de Fernand Léger réside dans la combinaison de symboles anciens avec des compositions abstraites. Le réseau en béton armé fait partie intégrante du dessin et renforce la lisibilité des motifs.
Les fenêtres des bas-côté sont décorées de vitraux en dalle de verre abstraits. Les dalles de verre sont montées avec un mastic spécial dans les ouvertures créant ainsi une entité matérielle entre vitraux et structure en béton et de véritables murs lumineux.