Bannwarts Scheibe von 1508 ist in das nördliche Chorfenster aus dem 19. Jahrhundert integriert. Sie zeigt den auf Wiesenboden vor schwarz-blauem Damastgrund stehenden Johannes den Täufer, einen der Kirchenpatrone sowie den Namenspatron des Stifters und des Johanniterordens. Der in Fellkleidung und einem roten Mantel dargestellte Heilige hält in seiner linken Hand das Lamm Gottes mit der Kreuzfahne. Zu seinen Füssen ist Johann Bannwart kniend in Johanniterkleidung und Gebetshaltung mit seinem Wappenschild festgehalten. Figuren und Wappen umfasst eine Arkade aus spiralig gedrehten Pfeilern und einem Astbogen mit Rankenwerk und sich kreuzenden, doppelt ausgeschweiften Fialen.

Kopf und linke Schulter des Heiligen, ein Teil des rechten Pfeilers, zwei Damaststücke, ein Grossteil des Bogens und das rechte untere Eckstück mit der Inschrift neu ergänzt; einige Sprünge und Sprungbleie; die Verbleiung erneuert.

Restaurierungen
1882 Karl Wehrli, Zürich: Vermutlich Einsetzen der Ergänzungen. Auf Wehrlis Restaurierung bezieht sich die Inschrift unten im Fenster n II: “Renovirt 1882.”

Zum Scheibenstifter Johann Bannwart sind keine biographischen Angaben bekannt. Er war laut Inschrift im Jahr 1508 Schaffner der Johanniterkommende Tobel.
Die Kirche von Affeltrangen dürfte vor 1508 eine Turm- und Chorerneuerung erfahren haben. Darauf weisen die von 1502 stammende grosse Glocke und die beiden 1508 sicherlich gegen Umbauabschluss vom Komtur und Schaffner der Kommende Tobel, der Kirchenherrin, gestifteten Glasgemälde (Knoepfli, 1955, S. 4).
In den Glasgemälden des Komturs und des Schaffners sind der Wappenhelm beziehungsweise Johannes der Täufer jeweils nach rechts gewendet. Dies spricht dafür, dass beide Werke ursprünglich das rechte Stück einer Doppelstiftung bildeten, das heisst einmal eine Figuren- und einmal eine Wappenscheibe als Pendant besessen haben müssten. Diese Doppelstiftungen können sich im Chor oder im Schiff befunden haben. An ihrem heutigen Platz befinden sich die Glasgemälde seit 1968, davor befanden sie sich im Schiff. Die heutigen Chorfenster entsprechen aber nicht dem ursprünglichen Zustand. Wie bei der Renovation im Jahr 1882 festgestellt werden konnte, handelte es sich bei den Fensteröffnungen des frühen 16. Jahrhunderts um Spitzbogenfenster (Rahn, 1899, S. 7; Knoepfli, 1955, S. 5).

Die beiden Glasgemälde in Affeltrangen weisen zwar unterschiedliche Rahmungen auf, entstammen aber wohl dennoch derselben Glasmalerwerkstatt. Als einziger im Thurgau tätiger Glasmaler ist in dieser Zeit Ludwig Stillhart namentlich belegt. Dessen Stil ist aber durch die Glasgemälde für das Rathaus von Ermatingen (TG_16, TG_17, TG_18, TG_19) bezeugt und unterscheidet sich von demjenigen der Affeltranger Scheiben. Deren Schöpfer bleibt unbekannt.

Die Scheibe wird genannt in:
Kuhn, 1869, S. 323.
Escher, 1883, S. 393.
Büchi, 1890, S. 30.
Rahn, 1899, S. 7f.
Knoepfli, 1955, S. 6, Abb. 6.
Bühler, 1985, S. 5–312.