Anstelle der mittelalterlichen Kirche wurde in Sitterdorf 1515 ein Neubau errichtet, wobei der Turm des Vorgängerbaus erhalten blieb. In diesen Neubau wurden 1517 fünf Scheiben gestiftet (vgl. TG_113). Während der nächsten Jahrhunderte scheinen sich Bauerneuerungen auf kleinere Reparaturen beschränkt zu haben. Eine grössere Renovation erfolgte 1813. Damals wurden die fünf Glasgemälde verkauft (Knoepfli, 1962, S. 495–508). 1567–1961 wurde die Kirche paritätisch genutzt, danach zogen die Katholiken in einen Kirchenneubau.
Heute schmücken drei 1967 geschaffene Glasmalereien von Hans Affeltranger den Chor.

Knoepfli, A. (1962). Die Kunstdenkmäler des Kantons Thurgau. Bd. III. Der Bezirk Bischofszell. Die Kunstdenkmäler der Schweiz, Bd. 48. Basel : Birkhäuser Verlag, S. 495–508.