In der Scheibe in zwei Reihen zu Paaren vereint sind die Vollwappen von Niklaus Zollikofer und seiner drei Gemahlinnen. Oben befinden sich diejenigen des Stifters und Anna Schlappritzis, unten diejenigen Anna Spindlers und Maria Widenhubers. Die vier in ovale grüne Rollwerkkartuschen gesetzten Wappenschilde werden paarweise von drei roten Säulen mit Kartuschenschmuck gerahmt, über denen sich jeweils ein rotes Gebälk hinzieht. Dieses Rahmengerüst ruht auf dem gelben Podium, an dessen Front die Rollwerktafel mit der Stifterinschrift angebracht ist. Zu beiden Seiten der Tafel sitzt ein Putto, von denen derjenige rechts neben einem Bienenkorb in einem Buch liest und derjenige links von einem Vogel begleitet wird.
Am Fuss der Scheibe wurde später das ehemalige Oberbild einer alteren Scheibe eingefügt. Es schildert die durch Gottes Beistand ermöglichte Rettung des Propheten Jonas aus dem Bauch des Fisches (Jon 2, 11). Zu sehen ist der über einer am Meer gelegenen Waldlandschaft im Wolkenkranz am Himmel thronende Gottvater, der den Fisch auffordert, Jonas an Land zu speien.

Das Glas mit der Bibelszene am unteren Rand ein Flickstück (Zusatz) aus einer anderen alten Scheibe (das Museumsinventar im Schloss Altenklingen beschreibt die Scheibe bereits mit dieser Bibelszene); mehrere Sprungbleie; die Verbleiung erneuert.

Der Stifter ist mit Niklaus Zollikofer (1568–1639) identisch, dem Sohn Georgs II. und der Barbara Schirmer. Er war in St. Gallen Stadtrichter, Stadtammann und Ratsherr (vgl. Kesselring/Zollikofer, 2010, S. 51, 56). 1590 heiratete er Anna Schlappritzi (1572–1609), 1610 Anna Spindler (1575–1612), 1612 Maria Widenhuber (1580–1620) und 1623 Anna Scherb (1590–1623)(Kessel, 2020).

Laut Paul Boesch handelt es sich möglicherweise um eine Arbeit des Zürcher Glasmalers Hans Felix Schärer. Dessen signierte Scheiben im Schweizerischen Nationalmuseum (Schneider, 1971, Bd. 2, Nr. 500), im Schloss Tarasp in Scuol (Allianzwappenscheibe Leonhart Zollikofer und Sabina Schlumpf, 1613, Foto Vitrocentre Romont) und in der kath. Kirche Mellingen (Hasler, 2002, Kat. Nr. 76) unterscheiden sich jedoch in Stil und Komposition von vorliegender Allianzscheibe. Vielmehr ist an Josias Murer als Hersteller zu denken. Die ihm zugewiesene, 1610 entstandene Bildscheibe von Peter Hirzel, Salomon Hirzel und Hans Konrad Heidegger (TG_49) zeigt sehr ähnliche Wappenkartuschen. Die strenge Einteilung der Scheibenfläche in mehrere Bildfelder ist eine Kompositionsweise, wie sie Murer mehrmals verwendete (vgl. TG_33, VMR_444). In ähnlicher Weise, aber ohne architektonische Gliederung, wurden vier Wappen auf der 1599 entstandenen Stiftung des Vaters von Niklaus Zollikofer, Georg II. und seinen drei Ehefrauen (TG_170) angeordnet.
Josias Murer war erwiesenermassen wiederholt von St. Galler Bürgern beauftragt worden. So schuf er 1613 eine Scheibe für den St. Galler Stadtammann Christoph Buffler (ehemals Schloss Ulriksdal, Stockholm; Boesch, 1956, S. 24) und 1612 eine Allianzwappenscheibe für Leonhard Spindler und Magdalena Schlappritzi von St. Gallen (Foto im Schweizerischen Nationalmuseum, 43160; Boesch, 1956, S. 25). Leonhard Spindler (1590–1626) war ein Bruder der Anna Spindler, der zweiten Ehefrau des Scheibenstifters Nikolaus Zollikofer (Kessel, 2020).

Die Scheibe kam in den Jahren vor 1871 ins Schloss Altenklingen und wurde im Ahnensaal eingebaut.

Das Glasstück mit der Darstellung des vom Fisch an Land gespieenen Jonas gehört nicht zur Stiftung Niklaus Zollikofers, sondern zu einer älteren, von Andreas Hör stammenden Scheibe. Dasselbe trifft auch auf die stilistisch gleichfalls die Hand Hörs verratenden Oberbildfragmente zu, die von einem unbekannten Restaurator an drei andere in Schloss Altenklingen befindliche Scheiben angestückt wurden. Dazu zählen das Fragment mit dem Gleichnis vom verlorenen Schaf unten in Hörs Scheibe für Georg Buffler und Dorothea Zollikofer von 1567 (TG_169), dasjenige mit Adam und Eva oben in Hörs Scheibe für Hermann Schlumpf und Esther Zollikofer von 1568 (TG_168) sowie dasjenige mit der Parabel vom reichen Mann und armen Lazarus unten in der Allianzwappenscheiben Georg Zollikofers von 1599 (TG_170).

Die Scheibe wird genannt in:
Zollikofer, 1871, S. 25 (1615 datiert).
Fiechter-Zollikofer, 1920, S. 41, Nr. 12.
Zollikofer/Fiechter-Zollikofer, 1925, S. 41.
Boesch, 1956, S. 25.
Zollikofer/Fiechter-Zollikofer/Zollikofer, 1966, S. 59f., Nr. 12.
Kesselring-Zollikofer/Zollikofer, 2010, S. 128.
Kesselring-Zollikofer, 2017, S. 1, C18, D4 (1, 29f., 33).