Die Karfreitagsscheibe bildet den Mittelteil des Scheibentriptychons, die Weihnachtsscheibe den linken und die Pfingstscheibe den rechten Flügel. Übergreifend verbunden werden die drei Teile durch die Stifterfiguren. Sie sind oberhalb ihrer in der Schriftrolle am Scheibenfuss enthaltenen Namen in kniender Haltung neben ihrem jeweiligen Wappen festgehalten. Auf beiden Flügelteilen sind auf diese Weise je fünf Domherren unterhalb des als Bühne für die Hauptszene dienenden Podiums platziert, und zwar in Blickrichtung auf das Karfreitagsbild der Mittelscheibe. Darauf erscheint als einzige Stifterfigur der Basler Bischof Melchior von Lichtenfels, der im Gegensatz zu den in die Zone unterhalb des biblischen Geschehens verbannten Domherren direkt in dieses integriert ist. Jede der drei Scheiben rahmt eine zierliche bunte Arkade aus Säulen und einem filigranen Volutenbogen.
Die Karfreitagsscheibe schildert die Kreuzigung Christi. Das figurenreiche Geschehen spielt sich im Vordergrund einer lichtgrünen Hügellandschaft ab, die unter blauem, mit rötlichen Wolken verschleiertem Himmel steht. In der Bildmitte erscheint Christus am Kreuz und darunter befindet sich links die Gruppe der Trauernden mit Maria in blauem Mantel, Johannes in grünem Gewand und rotem Überwurf sowie der knienden, den Kreuzfuss umgreifenden Maria Magdalena. Direkt vor ihr ist ebenfalls kniend und in etwas kleinerem Massstab der bischöfliche Stifter in rotem goldgeschmücktem Mantel festgehalten. Auf der gegenüberliegenden Seite würfeln unter dem ungläubigen Schächer am Kreuz drei Krieger in hellblauen Rüstungen um den violetten Mantel Christi. Zwei weitere Szenen aus der Leidensgeschichte erscheinen in den Oberbildern. Diejenige links zeigt den in einen violetten Mantel gekleideten Herrn im Garten Gethsemane, wo er kniend zum Engel, dem Überbringer des Leidenskelches, emporblickt. Im Rücken Christi befinden sich die am Ölberg schlafenden Jünger und im Hintergrund die sich dem Garten nähernde Gruppe mit Judas und den Häschern. In der Szene rechts dargestellt ist die Grablegung mit Nikodemus und Joseph von Arimathia, die den Körper Christi in Anwesenheit von Johannes und den drei Marien in einen Sarkophag senken.

Ein Stück im Sarkophag Christi und der linke Arm des Gekreuzigten zur rechten Seite Christi neu ergänzt; mehrere Sprungbleie; die Verbleiung erneuert.

Restaurierungen
1943–1945 Hans Drenckhahn, Thun: Zur Behandlung des linken Flügels äussert sich Drenckhahn in seiner Korrespondenz mit dem Bernischen Historischen Museum (Nachweisakten BHM Bern) detailliert: "Ich habe nun alle 4. Füllungen aus dem Blei genommen u. die Stücke gruppenweise in eine Perlösung gelegt. Die Zementartige Kalkkruste u. die filzige Schlamm- und Russschicht soll sich in dieser Lösung allmälig aufweichen um sie später ganz entfernen zu können." Auch ältere Retuschen, insbesondere an den beschädigten Gesichtern der Stifter entfernte er auf diese Weise. Die heute wieder voll bemalten Gesichter gehen also auf Drenckhahn zurück. Von diesem gibt es auch einige Pausen der Scheiben in dessen Nachlass im Vitrocentre Romont. Weder aus den Pausen noch der Korrespondenz ist zu entnehmen, ob Drenckhahn Ergänzungen in die drei Glasgemälde einfügte. Es ist aber davon auszugehen, dass er nicht nur Sprungsicherungen und Reinigungsmassnahmen vornahm, sondern auch die meisten der heute erkennbaren Ergänzungen einsetzte.

Nach Vollendung der Burgkapelle von Angenstein 1560 erbat sich deren Bauherr Wendelin Zipper für die Ausschmückung von seinem Herrn, dem Basler Bischof Melchior von Lichtenfels (ca. 1517–1575), Glasmalereien. Die Stiftung umfasst drei, inhaltlich zusammengehörende Scheiben, deren Mittelfelder den drei Hauptfesten des Kirchenjahres – Weihnacht, Karfreitag (Ostern), Pfingsten – gewidmet sind.

Alfred Scheidegger verortet die Scheiben in der Nachfolge der Ropstein-Werkstatt in Freiburg i. Br. Seit der Reformation in Basel 1529 befand sich das Basler Domkapitel in Freiburg im Exil. Die bedeutende Werkstatt des Hans Gitschmann von Ropstein († 1564) war seit 1508 dort tätig. Insbesondere vergleicht Scheidegger den der Ropstein-Werkstatt zugeschriebenen Kreuzigungstriptychon aus der Freiburger Kartause im Historischen Museum Basel mit der vorliegenden Scheibe. Wie Scheidegger selber beobachtet, bestehen zwar im stilistischen Detailvergleich gewisse Parallelen zu diesem Triptychon, in der Komposition der Scheiben bestehen jedoch grosse Unterschiede (vgl. Scheidegger 1946, S. 15). In ihrer Kleinteiligkeit und in der Kombination mehrerer, figurenreicher Szenen unterscheiden sich die Angensteiner Scheiben wesentlich vom monumentalen Charakter des 1525/um 1560 entstandenen Triptychons der Kartause. Ebensowenig lassen sich andere Werke der Ropstein-Werkstatt (vgl. Becksmann 2010, Bd. 1, S. 54f.; Hasler 2002, S. 220f.) damit vergleichen.
Zwar befand sich das Basler Domkapitel in Freiburg i. Br., der Bischof hingegen residierte seit der Reformation im Schloss Pruntrut. Da Melchior von Lichtenfels (ca. 1517–1575), Bischof von Basel seit 1554, als Hauptstifter des vorliegenden Triptychons anzusprechen ist, könnte es sein, dass er die Glasgemälde bei einem Basler Glasmaler bestellte. In Frage käme hier Ludwig Ringler, der 1557 einen Scheibenriss für denselben Stifter schuf (Ganz 1966, Abb. 9). Paul Leonhard Ganz betrachtet zwar die Angensteiner Scheiben nicht als Basler Arbeit, gerade Ringlers Werke liefern jedoch die engsten bekannten Vergleichsbeispiele dazu. Insbesondere die weit in die Tiefe reichende Architektur- und Landschaftsdarstellung, die figurenreichen Szenen und der Schriftcharakter sind vergleichbar (vgl. Abb. 9–24 bei Ganz 1966). Eine sicherere Zuschreibung ist jedoch schwierig zu vertreten, da Hans Drenckhahn 1943–45 die Schwarzlotbemalung der Glasgemälde stark restaurierte (s. Feld Erhaltungszustand und Restaurierungen).

Zu dieser Scheibe gibt es im Schweizerischen Nationalmuseum Zürich einen Riss (SNM, Inv. 24760). Da dieser in vielen Details vom Glasgemälde abweicht, handelt es sich wahrscheinlich nicht um eine Nachzeichnung, sondern um einen skizzenhaften Vorentwurf zur Scheibe aus der Zeit von 1562.